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细菌大小是怎么决定的?(2)

时间:2020-05-19 10:01来源:新浪科技综合 作者:新浪科技综合 点击:
由于细胞是指数生长,起始质量及时间周期恒定,因此分裂时细胞的大小正比于生长速率的指数次方。这一观点很好的契合了SMK生长法则,回答了细菌大小

由于细胞是指数生长,起始质量及时间周期恒定,因此分裂时细胞的大小正比于生长速率的指数次方。这一观点很好的契合了SMK生长法则,回答了“细菌大小是怎么决定的”这一基础科学问题,被称为“恒定起始质量假说”。

一测到底 展开三年漫长研究

这两个统治了学术界半个世纪的生长法则环环相扣,就像科研道路上的“指路牌”,在该领域树立权威六十年,多年来许许多多的研究在两大法则的指引下开展;也有一些研究团队对这两个法则的准确性提出过质疑,但由于缺乏系统全面的实验数据,相关结论并未引起领域内大部分研究人员的重视。要想修正主流细胞生长法则,必须要确保实验数据完整的覆盖度以及高度的可重复性,刘陈立团队潜心3年多研究,对两大法则进行了系统性重复实验。

“通常的该类研究会选取1种或少数几种培养基,而我们选择了超过30种培养基开展实验,我们采用早晚轮班制,对细胞的生长状态进行实时监控,以确保每次取样都是在细胞稳定状态下进行的,”该文章的第一作者郑海博士介绍说,“在低生长速率条件下,完成一次实验所需时间长达一周,而为确保数据可靠,实验还需要重复,重复次数多的超过9次以上。”这是迄今为止有报道的类似研究工作中选用培养基种类最多、覆盖生长速率范围最广的一次。

带着极大的耐心和严谨的态度,团队最终发现,原有的两大法则并不准确,被奉为经典的“指路牌”可能将大家的研究引向了偏离的方向。“虽然生长速度越快,细胞越大,但二者之间的关系并不符合SMK生长法则的预期”该文章的通讯作者刘陈立研究员说,“按照法则描述,无论细胞生长快慢,一旦达到‘起始质量’,就应该开始新一轮的DNA复制,然而,我们却在实验中观察到,细菌细胞没有遵循假说,不同培养条件下,‘起始质量’有高有低。”

如果两大法则并不准确,那么细菌大小是怎么决定的呢?我们能否修正“指路牌”呢?

玩转数据 推导全新定量关系

为了回答“细菌大小是怎么决定的”这一科学问题,刘陈立这样描述实验数据分析的过程:“要和数据呆在一起,揣摩它。”研究团队通过寻找大量科研实验数据背后的量化关系,最终推演出一个全新且适用于不同生长速率条件的“个体生长分裂方程”(图2):

新的方程统一了不同生长速率条件下的细菌细胞周期调控机制,这一定量公式的提出也使得细菌个体大小、生长速率等自然现象具有了一定的可预测性,例如:当得知细菌生长速率和DNA复制周期,便可准确预测出细菌的大小。该分裂方程为研究人员提供新的研究范式和思维方法,解答细菌细胞大小和DNA复制周期以及生长速度之间的关系,并具有广泛的应用价值。

“个体生长方程”对理解细菌细胞周期的控制机制有什么意义呢?在“个体生长方程”的约束下,研究团队对细菌细胞分裂的控制机制进行了探讨。并以此为基础提出了一个全新的分子机制假说,认为存在一种“分裂许可物”,它与“细胞生长”和“染色体复制分离”相关。当它积累达到一定阈值时,细胞就会分裂。研究团队在此基础上建立了相应的数学模型,进一步的实验确实验证了理论预测。

从数学公式到建构生命体理性设计基础

在物理世界,“伯努利方程”指导了飞机的设计,“阿基米德浮力定律”推动了潜艇的面世,“牛顿第二定律”是人类得以翱翔太空的理论基石,合成生物学的终极目标就是生物世界实现理性设计、改造现有生命形式或者创造全新的生命形式以满足人类不同的需求。

以“合成生物学”为研究导向,刘陈立团队继去年揭示细菌群体迁徙公式后,该研究是在定量生物学领域的再度突破,“研究再次证实了定量的思维方法在生命科学研究中的重要性,我们找到的每一个运行规律,都是试图找到可用于指导设计、改造、重建生命形式的‘图纸’。”刘陈立表示。

此次对细菌个体细胞相关定量规律和法则的基础科学问题研究,对人类揭示并理解生命体内在原理提供了重要的参考依据,此研究也有助于未来合成生物学领域的理性设计和建构,以满足细菌治疗疾病、抗生素替代、绿色生物制造等多个应用层面的需要。

(原标题:细菌大小是怎么决定的?)

责编:小美

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